一、建筑企业相关风险点
取得预收款项未按规定预缴税款部分纳税人对政策理解不熟悉，存在对跨市跨省项目纳税义务发生时未在建筑服务发生地预缴税款，或者收到预收款时未预缴税款的情形。按照规定，纳税人提供建筑服务取得预收款，应在收到预收款时，以取得的预收款扣除支付的分包款后的余额，按照规定的预征率预缴增值税。在同一地级行政区范围内跨县（市、区）提供建筑服务，不适用《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》。同时，采用不同方法计税的项目预缴增值税时的预征率不同，适用一般计税方法计税的项目预征率为2%，适用简易计税方法计税的项目预征率为3%。采取预收款方式提供建筑服务的应在收到预收款时预缴增值税；纳税义务发生时，同一地级市内的项目，不需要在项目所在地预缴税款，直接在机构所在地申报；跨市跨省项目，需要在建筑服务发生地预缴税款。
收入确认滞后企业受托从事建筑等工程业务，持续时间超过12个月的，应按照纳税年度内完工进度或者完成的工作量确认收入的实现，但部分建筑企业可能未及时确认，产生税务风险。建筑企业应对照相关规定，判断完工进度，及时确定当期建筑劳务收入。
缺失合法有效的税前扣除凭证建筑企业工程周期长、雇佣人员情况复杂，对于一些零散的人工费用、分包费用，部分情况下未能及时取得合法有效的税前扣除凭证，但同时又将相应的支出违规进行税前扣除。企业在业务交易时需注意上游供货商或服务提供商能否及时开具发票，同时在入账时需注意取得发票是否符合规定、票面信息是否与经济业务一致、是否为作废发票等。对依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，其支出以税务机关代开的发票或者收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证，收款凭证应载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息。
承租建筑施工设备取得发票的项目税率易出错纳税人将建筑施工设备出租给他人使用并配备操作人员的，按照“建筑服务”缴纳增值税。建筑企业在承租建筑施工设备时应注意区分出租方是否配备操作人员的情况，如果出租方负责安装操作应按购进建筑服务取得增值税发票，否则按购进有形动产租赁服务取得增值税发票。
以电子形式签订的各类应税凭证未按规定缴纳印花税建筑企业业务链复杂，签订电子合同较多，容易忽略电子合同的印花税申报。纳税人在经营过程中签订的电子合同，应及时申报缴纳应税凭证对应的印花税。
简易计税项目取得增值税专用发票并申报抵扣企业选择简易计税方法的项目进项税额不得从销项税额中抵扣，但在实际经营中，可能存在购进货物、劳务和服务用于简易计税项目取得增值税专用发票并抵扣了增值税进项税额的问题，存在较大的税收风险。对于取得增值税专用发票的简易计税项目，其进项税额不得从销项税额中抵扣，已抵扣的应将对应的增值税进项税额进行转出。
二、发票相关风险点
取得白条入账等以其他凭证代替发票使用这种行为不符合规定，可能导致税务风险。
纳税人是否存在购销不匹配、进销项明显异常例如进和销的货物、金额等方面存在不合理的差异情况，容易被税务机关关注，引发风险。
大额费用支出发票证据链不充分可能带来没法税前扣除的风险。
在同一地址注册多家小规模纳税人来开具发票，同一IP地址对外开具发票有虚开发票嫌疑，是税务风险点之一。
开票金额快达到免征额临界点的时候经常出现作废发票现象，增值税普通发票作废比例异常这一现象容易引起税务部门的怀疑，存在涉税风险。
新成立的小规模纳税人短期内开大额发票，而法定代表人或负责人年龄偏大，并没有经营能力甚至不具备生活能力等有虚开发票嫌疑，从而产生涉税风险。
检查自然人代开发票问题可能存在不合规代开等风险情况。
增值税发票使用保管方面的风险如保管不善可能导致发票丢失、损坏等情况，影响正常的税务处理等风险。
增值税虚开、代开方面的风险虚开、代开发票属于严重的违法行为，面临很大的税务风险，包括罚款、刑事责任等。
取得虚开、代开发票及假发票的风险取得这类发票不能用于正常的税前扣除和税务申报，还可能面临处罚。
其他发票使用的风险例如发票开具内容与实际业务不符等情况也会产生风险。
三、其他常见风险点
组织结构和业务流程方面投资结构、股东成分不合理：可能影响企业的税收政策适用等情况，带来涉税风险。
营业范围与税务处理不符：企业实际经营业务超出或不符合登记的营业范围，可能在税收申报等方面出现问题。
销售、采购的业务流程（或经营方式）不当：例如采购没有取得合规发票、销售未及时确认收入等流程上的问题会引发涉税风险。
未善用税收优惠方面没有充分利用自身可享受的税收优惠政策，导致多缴税款等风险。
关联交易的转让定价风险有形资产的销售和采购：关联企业间有形资产交易价格不合理，可能被税务机关调整应纳税额。
无形资产的提供和取得：转让定价不合理会影响税收缴纳情况。
劳务的提供和接受：同样，不合理的定价会引发涉税风险。
内部融资：关联企业间的融资利率等如果不符合市场合理范围，存在税务风险
